Usuario del día en Docking

Pues no, esta vez no es yattote el usuario del día (se nota que no les ha llegado el jamón).

Esta vez el usuario del día en Docking, le a tocado a D1M4R.

Un saludo

Nuevo record de puntuación en WCG

Como sabéis, dentro de poco empieza la challenge de navidad del proyecto de World Community Grid, en el cual nos hemos apuntado el equipo de Noticias3D.com.

Pues encauzamos bien el tema ya que antes de empezar, ya hemos batido nuestro record de puntuación máxima y lo ponemos en 27.536 puntos por día.

Además, estamos incrementando los miembros del equipo, ya somos más de 205 en éste proyecto, 97 de ellos activos, ya sabes, ¡APÚNTATE!.

Felicidades a todos los participantes en el proyecto.

Un saludo

Usuario del día en Ralph

Pues tenemos nuevo usuario del día, el amigo yattote en Ralph

Parece que le está siendo fructífero el mes a yattote, ¿cuantos jamones habrá repartido ya?

Un saludo

Distributed Rainbow Table Generator

Aún en fase pre-alpha acaba de salir este proyecto de ánalisis en criptología, y se ocupa, aún sin especificar, de las rainbow tables o tablas de arcoiris, una herramienta rápida para obtener claves de acceso a partir de valores hash.

Probablemente se trate de algún método avanzado de desarrollo con el fin de ser capaz de calcular rápidamente incluso las tablas más grandes, tal como hacía el proyecto ya desaparecido TMRL DRTG (TheMinouche Research Laboratories Distributed Rainbow Table Generator), mientras tanto nos conformaremos con inscribirnos en este proyecto a esperas de obtener más información.

Nota: las descargas de unidades salen fallidas, cosa que no es de extrañar siendo un proyecto en fase de desarrollo.

edit: Buscando una concordancia a este proyecto he encontrado por casualidad su página principal, Free Rainbow Tables, y su meta, ahora aclarada, es la de poder demostrar la inseguridad usando rutinas de hash simples para proteger las contraseñas más valiosas y forzar a desarrolladores a usar métodos más seguros.

Hasta ahora usaban su propio cliente (DistrRTgen) pero actualmente, como hemos podido apreciar, están migrando a BOINC.

Bienvenidos sean.

Ibercivis

Bueno, hoy toca hablar de Ibercivis, uno de los pocos proyectos españoles que podemos procesar a través de la plataforma del BOINC.

Os dejo un escueto texto sacado de su página.

CIENCIA Y CIUDADANIA

El avance de la ciencia es una realidad imparable y este proyecto beneficiará a toda la comunidad científica que podrá utilizar esta infraestructura para el cálculo en diferentes campos de interés de la investigación y la tecnología.
El desarrollo científico y tecnológico se ha convertido en uno de los pilares fundamentales en la vida cotidiana de las sociedades desarrolladas; sin duda, una apuesta fuerte por su crecimiento reportará en el futuro grandes beneficios.
Los sucesivos avances científicos, acumulativos y cada vez más complejos, se convierten en muchos casos en incomprensibles para quienes no son expertos en dichos campos, consiguiendo por tanto una paulatina separación entre el ciudadano, la ciencia y el conocimiento.

Una de las herramientas básicas usada en la investigación son los ordenadores. Por suerte, en este campo de la informática la distancia entre expertos y no expertos deja de ser tan grande. De hecho, la mayoría de las familias disponen de un ordenador similar al que es utilizado en los laboratorios de investigación. Estos ordenadores domésticos, capaces de realizar miles de millones de operaciones por segundo, suelen estar usados solo en ciertos momentos del día y no aprovechan todo su potencial.

Teniendo en cuenta que muchos de los proyectos científicos que se están llevando a cabo en la actualidad requieren una gran potencia de cálculo, ésta podría ser obtenida de los ordenadores domésticos que, libremente puestos a disposición de los investigadores vía Internet, realizarían cálculos necesarios para la culminación de ciertas investigaciones.

Al mismo tiempo, mediante el compromiso de los investigadores con los usuarios y la necesidad de explicar los temas para los que se solicita tiempo de cálculo, se conseguiría un acercamiento de los ciudadanos a los temas más candentes y en cierto modo a la comprensión de sus problemas y complejidades. Estos son los principales objetivos que pretende conseguir el proyecto Ibercivis, continuando el camino andado por su antecesor a nivel local, el proyecto Zivis.

Los proyectos que ahora mismo está ejecutando Ibercivis son:

Fusión (energía de futuro, energía limpia)

La fusión por confinamiento magnético podría ser una fuente de energía que resolviera en el futuro algunos de los problemas que presenta nuestro modelo energético. Especialmente los relacionados con la escasez de recursos, puesto que el combustible es virtualmente inagotable, y los relacionados con las emisiones contaminantes, especialmente las de gases de efecto invernadero que fuerzan el calentamiento global.

En esta línea de trabajo, se ha empezado a construir el sur de Francia el gran tokamak ITER (siglas inglesas de International Thermonuclear Experimental Reactor , que entrará en funcionamiento aproximadamente en 2016.

El plasma es el estado físico en que aparece la materia cuando se calienta a cientos de millones de grados, los necesarios para que se alcance la fusión. En este estado, la materia tiene propiedades muy diferentes a las de los otros estados físicos (sólido, líquido y gaseoso) a los que estamos acostumbrados.

Plasmas importantes son las estrellas, el fuego, las auroras boreales, los rayos,... y los plasmas de fusión. La creación de plasmas de fusión consiste ni más ni menos que en recrear en la tierra algunos de los fenómenos que ocurren en las estrellas. En los plasmas, los iones cargados positivamente y los electrones, cargados negativamente, se mueven en libertad, colisionando unos con otros, y generando complejos comportamientos colectivos.

Materiales (patrones de la naturaleza para usar en nuestra vida cotidiana)

Los materiales que queremos simular son vidrios y sistemas desordenados en general. El vidrio es un estado intermedio entre el sólido y el líquido. Desde el punto de vista microscópico son muy diferentes de los sólidos ordinarios, pues los átomos no se disponen en una estructura periódica. El estudio teórico de los vidrios ha encontrado también aplicaciones más allá de la Física de la Materia Condensada.

Por ejemplo, recientemente se han producido avances significativos, inspirados en la Física de los spin-glasses, en el campo de optimización combinatoria en Ciencias de Computación. Encontramos vidrios en los materiales magnéticos llamados spin-glasses, donde la disposición de los polos norte y sur de los "imanes atómicos" es rígida, pero aleatoria. También aparece comportamiento vítreo en gran número de materiales desordenados, como los superconductores. El desorden afecta profundamente a las propiedades magnéticas y de conducción eléctrica de materiales de magnetorresistencia colosal, que podrían ser la base de la siguiente generación de discos duros

Otro aspecto importante es que con las aplicaciones en Ibercivis en el área de Física de Materiales complejos, afrontamos un reto completamente nuevo en el área de la supercomputación distribuida.

Proteínas (fármacos contra el cáncer)

Todos los medicamentos incluyen en su composición una sustancia química llamada principio activo (a la que genéricamente denominaremos ligando) y que es responsable de la actividad de dicho medicamento. El resto de sus componentes, denominado excipiente, está constituido por sustancias inactivas cuya misión, entre otras, es asegurar que el principio activo llegue al lugar donde debe actuar. Estos lugares normalmente se encuentran localizados tanto en la superficie como en el interior de ciertas estructuras macro moleculares "receptoras" como son las proteínas y los ácidos nucléicos entre otros.

Al final de su viaje, un ligando ha de encontrar su centro activo y acoplarse a él. Este proceso, denominado docking, es bastante complejo y en él entran en juego una serie de procesos químicos gobernados por leyes físicas, entre ellas las que tienen que ver con la energía que se consume o libera en tal proceso.

El saber cómo ocurre esta unión, así como la caracterización y cuantificación de los distintos eventos que tienen lugar en tal proceso, es un área de investigación en creciente desarrollo, ya que este conocimiento nos aportará los elementos necesarios que nos permitirá, en teoría, diseñar moléculas con la estructura óptima necesaria para que su actividad sea no sólo mucho mejor, sino que además no produzca interferencias con otros centros activos no deseados, lo que daría lugar a los conocidos "efectos secundarios".

En la actualidad contamos con sofisticadas técnicas experimentales de cuyos resultados se extrae información tridimensional tanto de las proteínas como de los ligandos, es decir, cómo están situados sus átomos en el espacio y cuál es la disposición geométrica de la unión entre ambos. Por lo tanto, sabemos cómo se han unido las moléculas y cuánto vale esa unión. Si fuéramos capaces, a partir de esas estructuras tridimensionales y con las leyes físicas y químicas que conocemos, de reproducir los resultados experimentales, estaríamos en la posición de poder predecir, para cualquier otro ligando, cómo sería su unión y cuánto valdría, antes de hacer costosas pruebas farmacológicas

En fase beta tiene ahora los proyectos Nanoluz, Protomol y Neurosim

Bueno pues ya sabéis, si queréis procesar en un proyecto español no lo dudéis, Ibercivis no os defraudará.
Además, una vez instalado el programa BOINC y habiéndoos dado de alta en el proyecto, desde ésta página (sólo tienes que darle a unirte a este equipo) os podréis dar de alta en el equipo de Noticias3D.com.

Un saludo

Fuentes:
Ibercivis
Wikipedia

Más datos sobre la Alianza Hispánica

Como sabéis, en el blog de karrash, hay una encuesta sobre si estaríamos interesados en una unión de equipos hispanos (llamada de momento la Alianza Hispánica).
Cuando quedan unos 9 días para el final de la votación, vamos a concretar que es lo que se podría lograr con ello.

Como veis en la tabla adjunta, la unión de CanalBoinc, HispaSeti, AstroSeti y Noticias3D.com daría lugar a un macro equipo de:
2.784 Usuarios (de ellos 892 activos)
8.162 Ordenadores
620.142 Puntos de RAC
247.027.621 Puntos

Vamos que sería el 29º equipo a nivel mundial por puntos y el 23º por RAC.

Si le añadimos el equipo de Catalunya, la cosa quedaría así:
3.762 Usuarios (de ellos 1.218 activos)
11.096 Ordenadores
729.082 Puntos de RAC
332.030.746 Puntos

O lo que es lo mismo, el 19º por puntos a nivel mundial y el 19º por RAC.

Además podríamos disponer de un portal con 1.218 usuarios seguros, 3.762 que no sabríamos si pasarían por él y un sitio muy potente de cara a promocionar el tema de la Computación Distribuida y el Boinc.

Ahora ya podéis votar con conocimiento, que lo que nos depare el futuro sólo depende de nosotros.

Un saludo

BOINC ¿y luego?

Como muchos aún os preguntáis de qué va esto del BOINC y la computación distribuida, vamos a intentar aclarar un poquito más las cosas.

Cómo Funciona la Computación Distribuida

Computación Distribuida: Informaciones Básicas.
La computación distribuida une miles de computadores individuales, creando un gran sistema con poder de computación masivo superando ampliamente el poder de un puñado de súper computadores.
Como el trabajo se divide en pequeñas partes que se pueden procesar simultáneamente, el tiempo de investigación se reduce de años a meses.
La tecnología también es más eficaz en lo que se refiere al costo, permitiendo un mejor uso de fondos fundamentales.


Cambiar Nuestro Mundo Ahora.
La computación distribuida no es una tecnología del futuro. World Community Grid está trabajando actualmente, aplicando esta tecnología en proyectos de investigación emocionantes en beneficio de todos.
Nuestro primer proyecto, el Plegado del proteoma humano, está identificando proteínas producidas por los genes humanos.
Con esta información, los científicos pueden entender cómo algunos defectos de las proteínas pueden ocasionar enfermedades, facilitando el descubrimiento de la cura.
En 2003, con la computación distribuida, en menos de tres meses, los científicos identificaron 44 tratamientos posibles para luchar contra la mortal viruela. Sin esta red, el trabajo hubiera durado más de un año.

Bueno, una vez aclarado un poco el concepto, hemos instalado el programa BOINC, nos hemos añadido al/os proyectos que nos interesan ¿y luego?.

Lo mejor es procesar en varios proyectos a la vez, así, si uno de ellos se queda sin unidades de trabajo o no nos las manda porque se ha caído el servidor, podremos seguir procesando unidades de los otros proyectos.
¿Pero qué proyectos me instalo?
Lo mejor es tener siempre uno de los proyectos grandes, para mí, de los mejores es el World Community Grid, que engloba los siguientes proyectos actualmente:

Nutritious Rice for the World - Arroz Nutritivo para el Mundo -
El hambre y la desnutrición son los principales riesgos de la salud mundial. Casi el 30% de la población mundial sufre de alguna forma de desnutrición.
Cada año, 10 millones de personas mueren de hambre y enfermedades asociadas al hambre. De hecho, más personas mueren de hambre y desnutrición anualmente que de SIDA, malaria y tuberculosis juntas.
El arroz es el principal alimento de más de la mitad de la población mundial. El 20% del total de energía generada por la ingestión de alimentos por cada hombre, mujer y niño en el mundo viene del arroz. Sólo en Asia, más de 2 billones de personas obtienen hasta un 70% de su energía dietética diaria del arroz y de sus derivados.
Mejorando las variedades de arroz para producir cosechas más grandes, más resistentes y optimizadas desde el punto de vista nutricional, se afectarán positivamente las vidas de billones de personas.

Help Conquer Cancer - Ayuda a Derrotar el Cáncer
Para tener un impacto significativo en la comprensión del cáncer y de su tratamiento, deben ser descubiertos nuevos métodos terapéuticos capaces de enfocar el cáncer metastásico (extendido a otras partes del cuerpo) e identificados los marcadores diagnóstico (o indicadores de la enfermedad), que pueden detectar la enfermedad en fase inicial.
Los investigadores han sido capaces de hacer importantes descubrimientos cuando estudian múltiples cánceres humanos, incluso cuando tienen información limitada sobre las proteínas involucradas. Sin embargo, para comprender mejor y poder tratar el cáncer, es importante para los científicos el descubrimiento de nuevas proteínas involucradas en el cáncer y su estructura y función.
Los científicos están especialmente interesados en las proteínas que pueden tener una relación funcional con el cáncer: proteínas sobre expresadas o reprimidas en cánceres, o proteínas que han sufrido modificaciones o mutaciones produciendo cambios en su estructura.
La mejora de la cristalografía por rayos X permitirá a los investigadores determinar con mayor rapidez la estructura de numerosas proteínas asociadas al cáncer. Esto permitirá comprender mejor la función de estas proteínas y encontrar posibles intervenciones farmacéuticas para tratar esta enfermedad fatal.

Discovering Dengue Drugs Together - Descubriendo Fármacos contra el Denhue Juntos
Este proyecto descubrirá pistas de fármacos prometedores para combatir la reproducción del virus en la familia Flaviviridae. Miembros de esta familia, incluso virus del dengue, hepatitis C, Nilo occidental y fiebre amarilla, presentan importantes amenazas a la salud en los países desarrollados y en los países en vía de desarrollo.
Más de 40% de la población mundial corre el riesgo de infección por el virus del dengue. Anualmente, 1,5 millón de personas reciben tratamiento para dengue y fiebre hemorrágica del dengue. El virus de la hepatitis C ha infectado casi 2% de la población mundial. El virus de la fiebre amarilla y del Nilo occidental también tuvo un impacto mundial significativo. Desafortunadamente, no hay fármacos que traten estas enfermedades con efectividad. Consecuentemente, la atención de apoyo necesaria para tratar estas infecciones y minimizar la mortalidad duramente pone a prueba centros de salud ya sobrecargados en todo el mundo.
Se espera el descubrimiento de fármacos antivirales específicos y de amplio–espectro, para mejorar significativamente la salud mundial.

Human Proteome Folding Fase 2 - Plegado del Proteoma Humano Fase 2
El Plegado del proteoma humano – Fase 2 (HPF2) continúa desde donde se interrumpió la primera fase. Los dos objetivos principales del proyecto son: 1) obtener estructuras con mayor resolución para proteínas humanas específicas y proteínas de agentes patógenos y 2) explorar más ampliamente los límites de la predicción de estructuras de proteínas mejorando el desarrollo de la predicción de estructura del software Rosetta. En consecuencia, el proyecto tratará de dos imperativos paralelos muy importantes, uno biológico y uno biofísico.

FightAIDS @Home - Lucha contra el SIDA desde Casa
Para enfrentar estos desafíos, el proyecto FightAIDS@Home (lucha contra el SIDA desde casa) del World Community Grid utiliza un programa de software denominado AutoDock desarrollado en el laboratorio del Prof. Olson. AutoDock es un conjunto de herramientas que predice cómo pequeñas moléculas, como las de los posibles medicamentos, pueden enlazarse o "anclar" en un receptor de estructura 3D conocida.
La primera versión del AutoDock fue creada en el Laboratorio Olson en 1990 por el Dr. David S. Goodsell, desde entonces, versiones más nuevas, desarrolladas por Dr. Garrett M. Morris, han sido lanzadas, lo que añade nueva comprensión científica y estrategias al AutoDock, dejándolo más robusto en términos computacionales, más rápido y más fácil para que otros científicos lo usen. Desde el comienzo de este proyecto, el World Community Grid ha ejecutado una versión pre-release de AutoDock4.
En agosto de 2007, el World Community Grid comenzó a ejecutar la versión 4 de AutoDock públicamente nueva, que es más rápida, mas exacta, que puede manejar moléculas objetivo flexibles y, por esto, también pueden usárselas para análisis de acoplamientos de proteína a proteína.
Se usa AutoDock en el proyecto FightAIDS@Home en el World Community Grid para reducir grandes números de diferentes moléculas pequeñas para la proteasa de HIV, para que se puedan encontrar las mejores moléculas por medio de la computación, seleccionarlas y probarlas en el laboratorio en cuanto a eficacia en comparación al virus HIV. Uniendo sus fuerzas, el The Scripps Research Institute, el World Community Grid y su creciente cuerpo de voluntarios pueden encontrar mejores tratamientos mucho más rápido que nunca.

Además del WCG, existen otros proyectos como ClimatePrediction.Net, SETI, Rosetta, que prácticamente nunca se quedan sin unidades para poder procesar, los ideal sería instalar el proyecto que más os guste y además añadir alguno de los arriba mencionados.

Un saludo

Millonarios en GPUGRID

Pues ya hemos conseguido superar la barrera de los 2.000.000 de puntos en el proyecto GPUGRID, todo un logro.

Nos hemos situado en la primera posición a nivel nacional con diferencia con el segundo equipo grib/upf (los que han hecho posible el utilizar los procesadores cell en PS3GRID).

Hay que recordar que sólo hace 15 meses que empecemos a crunchear en el proyecto, aunque el impulso se lo hemos dado al principio de éste verano, cuando se han empezado a unir al equipo miembros con gráficas suficientes para poder procesar las unidades del proyecto (os recuerdo que sólo funciona en gráficas Nvidia módelos 8XXX y con el chip G92b o superior).

Un saludo

Usuario del día en APS

Seguimos estando de enhorabuena.

Hoy le ha tocado ser usuario del día a yattote en APS

El muy bribón ya lleva dos en lo que va de semana.

Un saludo

¿Una internet en el espacio?

Según un artículo publicado hoy en el periódico gratuito ADN, la NASA, demuestra que es posible crear una internet en el espacio.

Para ello, han creado el protocolo DTN (Deep Space Network), que es capaz de mantener estable un flujo de datos pese al retardo de las comunicaciones y las pérdidas de señal.


Así mismo, la NASA comunicó que en el pasado octubre, sus ingenieros utilizaron un software especial para transmitir docenas de imágenes hacia y desde una nave a más de 32 millones de kilómetros de la Tierra.

Por lo que se ve, ya se han resuelto los problemas de pérdidas de señal y de distancia, ya que recordemos que en el espacio además de la pérdida de señal por estar obstaculizados por los planetas, podemos sufrir alteraciones en la señal por culpa de las tormentas solares.

Fuente:

ADN


Un saludo

El Acelerador de Partículas (LHC) se retrasa de nuevo

Parece que se confirman los rumores sobre un nuevo retraso en la puesta en servicio (por segunda vez) del acelerador de partículas (LHC), la nueva fecha previsible apunta ahora para el verano del año que viene (2009).

Os dejo parte de la información publicada.

El portavoz del CERN, James Gillies, ha confirmado los rumores que habían aparecido en la prensa alemana de Suiza, que aseguraban que la fecha apuntada de la próxima primavera para volver a poner en funcionamiento la llamada 'máquina del Big Bang', no es realista. "Será en verano, más que en primavera", afirmó el portavoz, quien dijo que el 12 de diciembre el consejo del CERN hará una evaluación de la situación.

El proyecto estrella del CERN se puso en funcionamiento por primera vez el 10 de septiembre, cuando los científicos del laboratorio lograron que el primer haz de protones circulara y diera una vuelta completa por el gigantesco túnel de 27 kilómetros de circunferencia que constituye el acelerador, situado bajo la frontera suizo-francesa, a las afueras de Ginebra.

Sólo 10 días después, una avería en uno de los ocho sectores que conforman el acelerador obligó a parar el experimento.
El problema se debió a una importante fuga de helio en el sector 3-4 del túnel, y poco después se confirmó que se debió a una conexión eléctrica defectuosa entre dos imanes del acelerador.

A pesar de la avería, el CERN celebró una inauguración oficial del acelerador el pasado 21 de octubre, aunque deslucida por la ausencia de grandes personalidades.

Diversas informaciones aparecidas en la prensa suiza culpan ahora en parte de la avería a las "prisas" del director general del CERN, Robert Aymar, quien habría querido arrancar el acelerador a toda costa antes de que finalice su mandato este año, sin que se hubieran hecho todas las pruebas necesarias.

Un saludo

Fuentes:

Mr. Boinc
El Mundo

Usuario del día en Pirates

Vaya vaya, tenemos un nuevo pirata surcando los mares de la computación distribuida y el boinc, y es nuestro amigo werwolf, que hoy le ha tocado ser usuario del día en Pirates.

Felicidades campeón, que tú eres de los que se lo curra y mucho.

Un saludo