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viernes, 21 de noviembre de 2008

BOINC ¿y luego?

Como muchos aún os preguntáis de qué va esto del BOINC y la computación distribuida, vamos a intentar aclarar un poquito más las cosas.

Cómo Funciona la Computación Distribuida

Computación Distribuida: Informaciones Básicas.
La computación distribuida une miles de computadores individuales, creando un gran sistema con poder de computación masivo superando ampliamente el poder de un puñado de súper computadores.
Como el trabajo se divide en pequeñas partes que se pueden procesar simultáneamente, el tiempo de investigación se reduce de años a meses.
La tecnología también es más eficaz en lo que se refiere al costo, permitiendo un mejor uso de fondos fundamentales.


Cambiar Nuestro Mundo Ahora.
La computación distribuida no es una tecnología del futuro. World Community Grid está trabajando actualmente, aplicando esta tecnología en proyectos de investigación emocionantes en beneficio de todos.
Nuestro primer proyecto, el Plegado del proteoma humano, está identificando proteínas producidas por los genes humanos.
Con esta información, los científicos pueden entender cómo algunos defectos de las proteínas pueden ocasionar enfermedades, facilitando el descubrimiento de la cura.
En 2003, con la computación distribuida, en menos de tres meses, los científicos identificaron 44 tratamientos posibles para luchar contra la mortal viruela. Sin esta red, el trabajo hubiera durado más de un año.

Bueno, una vez aclarado un poco el concepto, hemos instalado el programa BOINC, nos hemos añadido al/os proyectos que nos interesan ¿y luego?.

Lo mejor es procesar en varios proyectos a la vez, así, si uno de ellos se queda sin unidades de trabajo o no nos las manda porque se ha caído el servidor, podremos seguir procesando unidades de los otros proyectos.
¿Pero qué proyectos me instalo?
Lo mejor es tener siempre uno de los proyectos grandes, para mí, de los mejores es el World Community Grid, que engloba los siguientes proyectos actualmente:

Nutritious Rice for the World - Arroz Nutritivo para el Mundo -
El hambre y la desnutrición son los principales riesgos de la salud mundial. Casi el 30% de la población mundial sufre de alguna forma de desnutrición.
Cada año, 10 millones de personas mueren de hambre y enfermedades asociadas al hambre. De hecho, más personas mueren de hambre y desnutrición anualmente que de SIDA, malaria y tuberculosis juntas.
El arroz es el principal alimento de más de la mitad de la población mundial. El 20% del total de energía generada por la ingestión de alimentos por cada hombre, mujer y niño en el mundo viene del arroz. Sólo en Asia, más de 2 billones de personas obtienen hasta un 70% de su energía dietética diaria del arroz y de sus derivados.
Mejorando las variedades de arroz para producir cosechas más grandes, más resistentes y optimizadas desde el punto de vista nutricional, se afectarán positivamente las vidas de billones de personas.

Help Conquer Cancer - Ayuda a Derrotar el Cáncer
Para tener un impacto significativo en la comprensión del cáncer y de su tratamiento, deben ser descubiertos nuevos métodos terapéuticos capaces de enfocar el cáncer metastásico (extendido a otras partes del cuerpo) e identificados los marcadores diagnóstico (o indicadores de la enfermedad), que pueden detectar la enfermedad en fase inicial.
Los investigadores han sido capaces de hacer importantes descubrimientos cuando estudian múltiples cánceres humanos, incluso cuando tienen información limitada sobre las proteínas involucradas. Sin embargo, para comprender mejor y poder tratar el cáncer, es importante para los científicos el descubrimiento de nuevas proteínas involucradas en el cáncer y su estructura y función.
Los científicos están especialmente interesados en las proteínas que pueden tener una relación funcional con el cáncer: proteínas sobre expresadas o reprimidas en cánceres, o proteínas que han sufrido modificaciones o mutaciones produciendo cambios en su estructura.
La mejora de la cristalografía por rayos X permitirá a los investigadores determinar con mayor rapidez la estructura de numerosas proteínas asociadas al cáncer. Esto permitirá comprender mejor la función de estas proteínas y encontrar posibles intervenciones farmacéuticas para tratar esta enfermedad fatal.

Discovering Dengue Drugs Together - Descubriendo Fármacos contra el Denhue Juntos
Este proyecto descubrirá pistas de fármacos prometedores para combatir la reproducción del virus en la familia Flaviviridae. Miembros de esta familia, incluso virus del dengue, hepatitis C, Nilo occidental y fiebre amarilla, presentan importantes amenazas a la salud en los países desarrollados y en los países en vía de desarrollo.
Más de 40% de la población mundial corre el riesgo de infección por el virus del dengue. Anualmente, 1,5 millón de personas reciben tratamiento para dengue y fiebre hemorrágica del dengue. El virus de la hepatitis C ha infectado casi 2% de la población mundial. El virus de la fiebre amarilla y del Nilo occidental también tuvo un impacto mundial significativo. Desafortunadamente, no hay fármacos que traten estas enfermedades con efectividad. Consecuentemente, la atención de apoyo necesaria para tratar estas infecciones y minimizar la mortalidad duramente pone a prueba centros de salud ya sobrecargados en todo el mundo.
Se espera el descubrimiento de fármacos antivirales específicos y de amplio–espectro, para mejorar significativamente la salud mundial.

Human Proteome Folding Fase 2 - Plegado del Proteoma Humano Fase 2
El Plegado del proteoma humano – Fase 2 (HPF2) continúa desde donde se interrumpió la primera fase. Los dos objetivos principales del proyecto son: 1) obtener estructuras con mayor resolución para proteínas humanas específicas y proteínas de agentes patógenos y 2) explorar más ampliamente los límites de la predicción de estructuras de proteínas mejorando el desarrollo de la predicción de estructura del software Rosetta. En consecuencia, el proyecto tratará de dos imperativos paralelos muy importantes, uno biológico y uno biofísico.

FightAIDS @Home - Lucha contra el SIDA desde Casa
Para enfrentar estos desafíos, el proyecto FightAIDS@Home (lucha contra el SIDA desde casa) del World Community Grid utiliza un programa de software denominado AutoDock desarrollado en el laboratorio del Prof. Olson. AutoDock es un conjunto de herramientas que predice cómo pequeñas moléculas, como las de los posibles medicamentos, pueden enlazarse o "anclar" en un receptor de estructura 3D conocida.
La primera versión del AutoDock fue creada en el Laboratorio Olson en 1990 por el Dr. David S. Goodsell, desde entonces, versiones más nuevas, desarrolladas por Dr. Garrett M. Morris, han sido lanzadas, lo que añade nueva comprensión científica y estrategias al AutoDock, dejándolo más robusto en términos computacionales, más rápido y más fácil para que otros científicos lo usen. Desde el comienzo de este proyecto, el World Community Grid ha ejecutado una versión pre-release de AutoDock4.
En agosto de 2007, el World Community Grid comenzó a ejecutar la versión 4 de AutoDock públicamente nueva, que es más rápida, mas exacta, que puede manejar moléculas objetivo flexibles y, por esto, también pueden usárselas para análisis de acoplamientos de proteína a proteína.
Se usa AutoDock en el proyecto FightAIDS@Home en el World Community Grid para reducir grandes números de diferentes moléculas pequeñas para la proteasa de HIV, para que se puedan encontrar las mejores moléculas por medio de la computación, seleccionarlas y probarlas en el laboratorio en cuanto a eficacia en comparación al virus HIV. Uniendo sus fuerzas, el The Scripps Research Institute, el World Community Grid y su creciente cuerpo de voluntarios pueden encontrar mejores tratamientos mucho más rápido que nunca.

Además del WCG, existen otros proyectos como ClimatePrediction.Net, SETI, Rosetta, que prácticamente nunca se quedan sin unidades para poder procesar, los ideal sería instalar el proyecto que más os guste y además añadir alguno de los arriba mencionados.

Un saludo

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